O primeiro contato entre os dois países foi através de comerciantes e exploradores. Mais tarde, em meados do século XIX, vários representantes dos EUA viajaram ao Japão para negociar acordos comerciais, incluindo o comodoro Matthew Perry em 1852, que negociou o primeiro tratado comercial e a Convenção de Kanagawa. Da mesma forma, uma delegação japonesa chegou aos EUA em 1860 na esperança de fortalecer as relações diplomáticas e comerciais entre os dois países.
Segunda Guerra Mundial os países se enfrentaram depois que os japoneses bombardearam a base naval americana em Pearl Harbor, Havaí, em 1941. A guerra terminou em 1945, depois que o Japão sofreu tremendas causalidades do bombardeio atômico de Hiroshima e Nagasaki e os bombardeio de Tóquio.
Em 14 de agosto de 1945, o Japão se rendeu, levando a uma ocupação pelas forças vitoriosas dos Aliados. Ao ganhar o controle do Japão, o Presidente dos EUA Harry Truman Geral nomeado Douglas MacArthur como comandante supremo das potências aliadas no Japão. As forças aliadas trabalharam na reconstrução do Japão, bem como consolidaram a legitimidade política ao se posicionar publicamente ao lado do imperador Hirohito. Isso permitiu
MacArthur trabalhar dentro do sistema político. No final de 1945, aproximadamente 350.000 militares dos EUA estavam no Japão trabalhando em uma ampla variedade de projetos.Sob controle aliado, o Japão realizou uma transformação notável caracterizada pela nova constituição do Japão que enfatizava os princípios democráticos, a reforma educacional e econômica e a desmilitarização, incorporada na nova constituição japonesa. À medida que as reformas ocorriam, MacArthur transferiu gradualmente o controle político para os japoneses, que culminaram no Tratado de São Francisco de 1952, que oficialmente encerrou a ocupação. Essa estrutura foi o início de uma estreita relação entre os dois países, que dura até hoje.
O período após o tratado de São Francisco foi caracterizado por uma estreita cooperação entre os dois com 47.000 militares dos EUA remanescentes no Japão a convite dos japoneses governo. A cooperação econômica também tem desempenhado um papel importante no relacionamento com os EUA, fornecendo ao Japão quantidades significativas de ajuda nos períodos pós-guerra, uma vez que o Japão se tornou um aliado no país. Guerra Fria. A parceria resultou no ressurgimento da economia japonesa, que continua sendo uma das economias mais fortes da região.