1) Hokkaido
Área: 32.221 milhas quadradas (83.452 km2)
Capital: Sapporo
2) Iwate
Área: 5.899 milhas quadradas (15.278 km2)
Capital: Morioka
3) Fukushima
Área: 13.782 quilômetros quadrados
Capital: Cidade de Fukushima
4) Nagano
Área: 12.598 km2 (4.864 milhas quadradas)
Capital: Nagano
5) Niigata
Área: 12.582 km2 (4.857 milhas quadradas)
Capital: Niigata
6) Akita
Área: 11.612 quilômetros quadrados
Capital: Akita
7) Gifu
Área: 10.598 km2 (4.092 milhas quadradas)
Capital: Gifu
8) Aomori
Área: 9.606 quilômetros quadrados
Capital: Aomori
9) Yamagata
Área: 9.323 km2 (3.599 milhas quadradas)
Capital: Yamagata
10) Kagoshima
Área: 9.132 km2 (3.526 milhas quadradas)
Capital: Kagoshima
11) Hiroshima
Área: 8.473 quilômetros quadrados
Capital: Hiroshima
12) Hyogo
Área: 8.340 quilômetros quadrados
Capital: Kobe
13) Shizuoka
Área: 7.329 quilômetros quadrados
Capital: Shizuoka
14) Miyagi
Área: 7.213 milhas quadradas (7.285 km2)
Capital: Sendai
15) Kochi
Área: 7.104 quilômetros quadrados
Capital: Kochi
16) Okayama
Área: 7.008 km2 (2.706 milhas quadradas)
Capital: Okayama
17) Kumamoto
Área: 2.667 milhas quadradas (6.908 km2)
Capital: Kumamoto
18) Shimane
Área: 6.707 quilômetros quadrados
Capital: Matsue
19) Miyazaki
Área: 6.681 milhas quadradas (6.684 km2)
Capital: Miyazaki
20) Tochigi
Área: 6.408 km2 (2.474 milhas quadradas)
Capital: Utsunomiya
21) Gunma
Área: 2.357 milhas quadradas (6.363 km2)
Capital: Maebashi
22) Yamaguchi
Área: 6.159 quilômetros quadrados
Capital: Yamaguchi
23) Ibaraki
Área: 6.053 quilômetros quadrados
Capital: Mito
24) Oita
Área: 5.804 quilômetros quadrados
Capital: Oita
25) Mie
Área: 2.221 milhas quadradas (5.761 km2)
Capital: Tsu
26) Ehime
Área: 5.696 quilômetros quadrados
Capital: Matsuyama
27) Chiba
Área: 5.156 quilômetros quadrados
Capital: Chiba
28) Aichi
Área: 5.190 quilômetros quadrados
Capital: Nagoya
29) Fukuoka
Área: 4.971 quilômetros quadrados
Capital: Fukuoka
30) Wakayama
Área: 4.725 quilômetros quadrados
Capital: Wakayama
31) Kyoto
Área: 4.613 milhas quadradas (4.613 quilômetros quadrados)
Capital: Kyoto
32) Yamanashi
Área: 4.465 milhas quadradas
Capital: Kofu
33) Toyama
Área: 4.247 km2 (1.640 milhas quadradas)
Capital: Toyama
34) Fukui
Área: 4.189 milhas quadradas
Capital: Fukui
35) Ishikawa
Área: 4.185 quilômetros quadrados
Capital: Kanazawa
36) Tokushima
Área: 4.145 km2 (1.600 milhas quadradas)
Capital: Tokushima
37) Nagasaki
Área: 4.093 quilômetros quadrados
Capital: Nagasaki
38) Shiga
Área: 4.017 quilômetros quadrados
Capital: Otsu
39) Saitama
Área: 3.747 quilômetros quadrados
Capital: Saitama
40) Nara
Área: 3.691 km2 (1.425 milhas quadradas)
Capital: Nara
41) Tottori
Área: 3.507 quilômetros quadrados
Capital: Tottori
42) Saga
Área: 2.439 km2 (942 milhas quadradas)
Capital: Saga
43) Kanagawa
Área: 2.415 km2 (932 milhas quadradas)
Capital: Yokohama
44) Okinawa
Área: 2.271 quilômetros quadrados
Capital: Naha
45) Tóquio
Área: 2.187 quilômetros quadrados
Capital: Shinjuku
46) Osaka
Área: 1.893 quilômetros quadrados
Capital: Osaka
47) Kagawa
Área: 1.819 quilômetros quadrados
Capital: Takamatsu
Fontes:
Wikipedia.org. Prefeituras do Japão - Wikipedia, a Enciclopédia Livre. Obtido em: http://en.wikipedia.org/wiki/Prefectures_of_Japan.