Entre as muitas opções, essas cinco manchas são as mais comuns, começando com o brometo de etídio, o mais amplamente utilizado. Ao trabalhar com esse processo, é importante não apenas conhecer as diferenças entre as manchas, mas também os riscos inerentes à saúde.
O brometo de etídio é provavelmente o corante mais conhecido usado para visualizar o DNA. Pode ser usado na mistura de gel, no tampão de eletroforese ou na coloração do gel após a execução.
As moléculas do corante aderem às cadeias de DNA e fluorescem sob luz UV, mostrando exatamente onde as bandas estão no gel. Apesar de sua vantagem, a desvantagem é que o brometo de etídio é um potencial agente cancerígeno, portanto deve ser manuseado com muito cuidado.
O corante SYBR Gold pode ser usado para colorir DNA de fita dupla ou única ou para RNA. O SYBR Gold chegou ao mercado como uma das primeiras alternativas ao brometo de etídio e é considerado mais sensível.
Como a fluorescência da molécula não ligada é muito baixa, a descoloração não é necessária. A Molecular Probes, detentora de licenças, também (desde o lançamento do SYBR Gold) desenvolveu e comercializou o SYBR Safe e o SYBR Green, que são alternativas mais seguras ao brometo de etídio.
As manchas SYBR Green I e II (novamente comercializadas pela Molecular Probes) são otimizadas para diferentes fins. Por se ligarem ao DNA, ainda são considerados mutagênicos em potencial e, por isso, devem ser manuseados com cuidado.
SYBR Green I é mais sensível para uso com DNA de fita dupla, enquanto SYBR Green II, por outro lado, é melhor para uso com DNA ou RNA de fita simples. Como a popular mancha de brometo de etídio, essas manchas altamente sensíveis fluorescem sob luz UV.
Tanto o SYBR Green I quanto o II são recomendados pelo fabricante para serem utilizados com a "iluminação epi-iluminação Polaroid 667 254 nm preta e filme branco e um filtro fotográfico de mancha verde de gel SYBR "para obter a detecção de 100 pg de RNA ou DNA de fita simples por banda.
O SYBR Safe foi projetado para ser uma alternativa mais segura ao brometo de etídio e a outras manchas SYBR. Não é considerado resíduo perigoso e geralmente pode ser descartado através dos sistemas regulares de esgoto (ou seja, pelo ralo), porque os testes de toxicidade indicam que não há toxicidade aguda.
Testando também indica existe pouca ou nenhuma genotoxicidade nas células do embrião de hamster sírio (SHE), linfócitos humanos, células de linfoma de camundongo ou observadas no teste AMES. A mancha pode ser usada com um transiluminador de luz azul que causa menos danos ao DNA visualizado e oferece melhor eficiência para clonagem posterior.
Também é uma boa opção se você estiver usando géis de baixo ponto de fusão para recuperação do DNA. É muito estável a altas temperaturas e possui fluorescência muito baixa por si só, mas é altamente fluorescente quando ligado ao DNA. Eva Green também demonstrou ter citotoxicidade muito baixa ou inexistente ou mutagenicidade.