Com base em achados arqueológicos, foi postulado que hominídeo atividade no Japão pode datar já em 200.000 B.C. quando as ilhas estavam conectadas ao continente asiático. Embora alguns estudiosos duvidem desta data inicial para habitação, a maioria concorda que, por volta de 40.000 a.C. a glaciação havia reconectado as ilhas com o continente.
Povoando a Terra do Japão
Com base em evidências arqueológicas, eles também concordam que entre 35.000 e 30.000 a.C. Homo sapiens havia migrado para as ilhas do leste e sudeste da Ásia e possuía padrões bem estabelecidos de caça, coleta e fabricação de ferramentas de pedra. Ferramentas de pedra, locais de habitação e fósseis humanos deste período foram encontrados em todas as ilhas do Japão.
O Período Jomon
Padrões de vida mais estáveis deram origem a cerca de 10.000 a.C. para Neolítico ou, como alguns estudiosos argumentam, Mesolítico cultura. Ancestrais possivelmente distantes do povo aborígine Ainu do Japão moderno, membros da cultura Jomon heterogênea (ca. 10.000 a 300 a.C.) deixaram o registro arqueológico mais claro. Por volta de 3.000 a.C., o povo Jomon fazia figuras e vasos de barro decorados com padrões feitos ao impressionar os argila úmida com cordão e paus trançados ou não trançados (Jomon significa 'padrões de cordão entrançado') sofisticação. Essas pessoas também usavam ferramentas de pedra lascada, armadilhas e arcos e eram caçadores, coletores e hábeis pescadores costeiros e de águas profundas. Eles praticavam uma forma rudimentar de agricultura e viviam em cavernas e mais tarde em grupos de moradias rasas ou casas acima do solo, deixando ricos meios de cozinha para o estudo antropológico moderno.
No final do período Jomon, uma mudança dramática ocorreu de acordo com estudos arqueológicos. O cultivo incipiente evoluiu para sofisticado cultivo de arroz com casca e controle do governo. Muitos outros elementos da cultura japonesa também podem datar desse período e refletir uma migração mesclada do continente do norte da Ásia e das áreas do sul do Pacífico. Entre esses elementos estão a mitologia xintoísta, os costumes do casamento, os estilos arquitetônicos e os desenvolvimentos tecnológicos, como artigos de laca, têxteis, metalurgia e fabricação de vidro.
O Período Yayoi
O próximo período cultural, o Yayoi (nomeado após a seção de Tóquio, onde as investigações arqueológicas descoberto seus traços) floresceu entre cerca de 300 a.C. e 250 d.C. do sul de Kyushu ao norte Honshu. A mais antiga dessas pessoas, que se acredita ter migrado da Coréia para o norte de Kyushu e misturada com o Jomon, também usou ferramentas de pedra lascada. Embora a cerâmica dos Yayoi fosse tecnologicamente mais avançada, era mais simples do que a louça Jomon.
Os Yayoi fizeram sinos, espelhos e armas cerimoniais não funcionais de bronze e, no primeiro século d.C., usaram ferramentas e armas agrícolas. À medida que a população aumentava e a sociedade se tornava mais complexa, eles teciam tecidos, viviam em aldeias agrícolas permanentes, construíam construções de madeira e pedra, acumulou riqueza através da propriedade da terra e do armazenamento de grãos e desenvolveu Aulas. Sua cultura irrigada de arroz úmido era semelhante à do centro e sul da China, exigindo insumos pesados do trabalho humano, o que levou ao desenvolvimento e eventual crescimento de uma sociedade agrária altamente sedentária.
Ao contrário da China, que teve que empreender grandes obras públicas e projetos de controle de água, levando a um governo altamente centralizado, o Japão possuía água em abundância. No Japão, então, os desenvolvimentos políticos e sociais locais foram relativamente mais importantes do que as atividades da autoridade central e de uma sociedade estratificada.
Os primeiros registros escritos sobre o Japão são de fontes chinesas desse período. Wa (a pronúncia japonesa de um nome chinês antigo para o Japão) foi mencionado pela primeira vez em 57 d.C. Os primeiros historiadores chineses descreveram Wa como uma terra de centenas de comunidades tribais dispersas, não o terra unificada com uma tradição de 700 anos, conforme estabelecido no Nihongi, que coloca a fundação do Japão em 660 a.C.
Fontes chinesas do século III informaram que o povo Wa vivia de vegetais crus, arroz e peixe servidos em bandejas de bambu e madeira, mantinha relações vassalo-mestre, colecionava impostos, celeiros e mercados provinciais, bateram palmas em adoração (algo que ainda é feito nos santuários xintoístas), tiveram violentas lutas pela sucessão, construíram túmulos de terra e observavam luto. Himiko, uma governante feminina de uma antiga federação política conhecida como Yamatai, floresceu durante o terceiro século. Enquanto Himiko reinava como líder espiritual, seu irmão mais novo realizava assuntos de estado, que incluíam relações diplomáticas com o tribunal da dinastia Wei chinesa (220 a 65 d.C.).