Em certas regiões, como o sul da Índia, os reinos hindus se mantiveram e até recuaram contra a maré muçulmana. O subcontinente também enfrentou invasões dos famosos conquistadores da Ásia Central Genghis Khan, que não era muçulmano, e Timur ou Tamerlane, quem era.
Este período foi um precursor da Era Mughal (1526-1857). o Império Mughal foi criado por Babur, um príncipe muçulmano originário do Uzbequistão. Sob Mughals posteriores, particularmente Akbar, o Grande, os imperadores muçulmanos e seus súditos hindus alcançaram um entendimento sem precedentes e criaram um belo e florescente estado multicultural, multiétnico e religiosamente diverso.
Em 1206, um ex Mamluk Um escravo chamado Qutbubuddin Aibak conquistou o norte da Índia e fundou um reino. Ele se nomeou sultão de Delhi. Aibak era um orador turco da Ásia Central, assim como os fundadores de três dos próximos quatro sultanatos de Délhi. Um total de cinco dinastias de sultões muçulmanos governou grande parte do norte da Índia até 1526, quando Babur varreu do Afeganistão para fundar a dinastia Mughal.
Em 1221, o sultão Jalal ad-Din Mingburnu fugiu de sua capital em Samarkand, no Uzbequistão. Seu império Khwarezmid havia caído para os exércitos que avançavam em Genghis Khan, e seu pai havia sido morto; portanto, o novo sultão fugiu para o sul e leste da Índia. No rio Indus, no atual Paquistão, os mongóis capturaram Mingburnu e suas 50.000 tropas restantes. O exército mongol tinha apenas 30.000 soldados, mas prendeu os persas na margem do rio e os dizimou. Pode ser fácil sentir pena do sultão, mas a decisão de seu pai de matar enviados mongóis foi a faísca imediata que desencadeou as conquistas mongóis da Ásia Central e além em primeiro lugar.
A dinastia Chola, no sul da Índia, teve uma das mais longas corridas de toda dinastia da história da humanidade. Fundada em algum tempo nos anos 300 aC, durou até o ano de 1250 dC. Não há registro de uma única batalha decisiva; antes, o vizinho Império Pandiano simplesmente cresceu em força e influência a tal ponto que ofuscou e gradualmente extinguiu a antiga política de Chola. Esses reinos hindus estavam a sul o suficiente para escapar da influência dos conquistadores muçulmanos vindos da Ásia Central.
Em 1290, a dinastia mameluca em Delhi caiu e a dinastia Khilji surgiu em seu lugar para se tornar a segunda das cinco famílias a governar o sultanato de Delhi. A dinastia Khilji continuaria no poder apenas até 1320.
Durante seu breve reinado de 30 anos, a Dinastia Khilji resistiu com sucesso a várias incursões do Império Mongol. A batalha final e decisiva que acabou com as tentativas mongóis de tomar a Índia foi a Batalha de Jalandhar, em 1298, em que o exército Khilji matou cerca de 20.000 mongóis e expulsou os sobreviventes da Índia para Boa.
Em 1320, uma nova família de sangue misto turco e indiano tomou o controle do sultanato de Délhi, iniciando o período da dinastia Tughlaq. Fundada por Ghazi Malik, a dinastia Tughlaq expandiu-se para o sul através do planalto de Deccan e conquistou a maior parte do sul da Índia pela primeira vez. No entanto, esses ganhos territoriais não duraram muito. Em 1335, o sultanato de Délhi havia encolhido novamente em sua área de costume no norte da Índia.
Curiosamente, o famoso viajante marroquino Ibn Battuta serviu como qadi ou juiz islâmico no tribunal de Ghazi Malik, que assumiu o nome do trono de Ghyasuddin Tughlaq. Ele não ficou favoravelmente impressionado com o novo governante da Índia, deplorando as várias torturas usadas contra pessoas que não pagaram impostos, incluindo os olhos arrancados ou o chumbo derretido derramado gargantas. Ibn Battuta ficou particularmente chocado com o fato de esses horrores terem sido cometidos contra muçulmanos e também infiéis.
Quando o poder de Tughlaq diminuiu rapidamente no sul da Índia, um novo império hindu correu para preencher o vácuo de poder. O Império Vijayanagara governaria por mais de trezentos anos a partir de Karnataka. Trouxe uma unidade sem precedentes para o sul da Índia, baseada principalmente na solidariedade hindu em face da ameaça muçulmana ao norte.
Embora os Vijayanagara pudessem unir grande parte do sul da Índia, logo perderam o fértil Planalto de Deccan, que se estende pela cintura do subcontinente, para um novo sultanato muçulmano. O sultanato de Bahmani foi fundado por um rebelde turco contra os Tughlaqs chamado Ala-ud-Din Hassan Bahman Shah. Ele arrancou o Deccan do Vijayanagara e seu sultanato permaneceu forte por mais de um século. Nos anos 1480, no entanto, o sultanato de Bahmani entrou em declínio acentuado. Em 1512, cinco sultanatos menores haviam terminado. Quinze anos depois, o estado central de Bahmani se foi. Em inúmeras batalhas e conflitos, os pequenos estados sucessores conseguiram evitar a derrota total do Império Vijayanagar. No entanto, em 1686, o cruel Imperador Aurengzeb dos mongóis conquistaram os últimos remanescentes do sultanato de Bahmani.
O sultanato de Madurai, também conhecido como sultanato de Ma'bar, era outra região governada pelos turcos que se libertara do sultanato de Délhi. Baseado no sul de Tamil Nadu, o sultanato Madurai durou apenas 48 anos antes de ser conquistado pelo Reino Vijayanagara.
O século XIV do calendário ocidental terminou em sangue e caos para a dinastia Tughlaq do sultanato de Délhi. O conquistador sedento de sangue Timur, também conhecido como Tamerlane, invadiu o norte da Índia e começou a conquistar as cidades dos Tughlaq, uma a uma. Cidadãos nas cidades atingidas foram massacrados, suas cabeças decepadas empilhadas em pirâmides. Em dezembro de 1398, Timur tomou Delhi, saqueando a cidade e matando seus habitantes. Os Tughlaq mantiveram o poder até 1414, mas sua capital não se recuperou do terror de Timur por mais de um século.