Os compostos moleculares contêm dois ou mais não metais (não o íon amônio). Geralmente, você pode reconhecer um composto molecular porque o primeiro elemento no nome do composto é um não-metal. Alguns compostos moleculares contêm hidrogênio, no entanto, se você vir um composto que começa com "H", pode assumir que é um ácido e não um composto molecular. Os compostos constituídos apenas de carbono com hidrogênio são chamados de hidrocarbonetos. Os hidrocarbonetos têm sua nomenclatura especial e são tratados de maneira diferente de outros compostos moleculares.
Os não-metais podem combinar-se em uma variedade de proporções, por isso é importante que o nome de um composto molecular indique quantos átomos de cada tipo de elemento estão presentes no composto. Isso é realizado usando prefixos. Se houver apenas um átomo do primeiro elemento, nenhum prefixo será usado. É habitual prefixar o nome de um átomo do segundo elemento com mono-. Por exemplo, o CO é chamado de monóxido de carbono em vez de óxido de carbono.
Você pode escrever a fórmula para um composto covalente a partir do nome, escrevendo os símbolos para o primeiro e o segundo elementos e traduzindo os prefixos em subscritos. Por exemplo, hexafluoreto de xenônio seria escrito XF6. É comum que os alunos tenham problemas para escrever fórmulas a partir dos nomes dos compostos, pois os compostos iônicos e os compostos covalentes costumam ser confusos. Você não está equilibrando as cobranças de compostos covalentes; se o composto não contém um metal, não tente equilibrar isso!