Não houve candidatos à presidência "oficiais" na eleição de 1800. Segundo a Constituição dos EUA, os eleitores fizeram duas escolhas para presidente e quem recebeu mais votos se tornou presidente. A pessoa com o segundo maior número de votos se tornou vice-presidente. Isso mudaria com a aprovação da 12ª Emenda.
Apesar de não haver candidato oficial à vice-presidência, Thomas Jefferson concorreu com Aaron Burr como seu companheiro de chapa. O “bilhete” recebeu mais votos e a decisão de quem seria o presidente foi dada aos eleitores. John Adams foi emparelhado com Pinckney ou Jay. No entanto, de acordo com o Arquivo Nacional, nenhum registro oficial do número de votos populares foi mantido.
Havia um empate na votação eleitoral entre Thomas Jefferson e Aaron Burr com 73 votos cada. Por isso, a Câmara dos Deputados decidiu quem seria o presidente e quem seria o vice-presidente. Devido a uma intensa campanha de Alexander Hamilton, Thomas Jefferson foi escolhido por Aaron Burr após 35 votos. As ações de Hamilton seriam um fator que levou à sua morte em um duelo com Burr em 1804.